29th October 2021
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Bioconductor R packages:
Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor Robert Amezquita, Aaron Lun, Stephanie Hicks, Raphael Gottardo
sample.path <- c(SRR9264343 = "CellRanger_Outputs/SRR9264343/outs/filtered_feature_bc_matrix/") sce <- read10xCounts(sample.path, col.names=TRUE) sce <- read10xCounts(sample.path, col.names=FALSE)
list_of_files <- c(SRR9264343 = "CellRanger_Outputs/SRR9264343/outs/filtered_feature_bc_matrix",
SRR9264344 = "CellRanger_Outputs/SRR9264344/outs/filtered_feature_bc_matrix",
SRR9264347 = "CellRanger_Outputs/SRR9264347/outs/filtered_feature_bc_matrix")
sce <- read10xCounts(sample.path, col.names=TRUE)
counts(sce)
## 36601 x 3094 sparse Matrix of class "dgCMatrix" ## ## ENSG00000175756 1 2 . 1 1 . . 1 . . . 2 1 . 1 2 2 1 . . 1 . 1 3 1 1 2 1 2 2 . 6 . . 1 1 1 . . . 1 3 1 . ...... ## ENSG00000221978 . 2 . . . . . . . . 3 . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . . . ...... ## ENSG00000224870 . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . ...... ## ENSG00000242485 1 2 . 1 2 . . 1 . 1 1 4 . . 1 . 1 2 . 2 . 1 2 . . . . . 1 . . 2 2 . . 1 1 1 1 . 1 . 1 . ...... ## ENSG00000272455 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000235098 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000225905 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000205116 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000225285 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000179403 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000215915 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000160072 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . ...... ## ENSG00000197785 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000205090 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000160075 2 1 . . . . 1 3 1 4 2 3 1 . . . 1 1 . 2 2 1 . 4 2 1 1 1 . . 1 2 . . . 1 . . 1 . 1 2 . . ...... ## ENSG00000215014 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000228594 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000286989 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000272106 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000197530 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000189409 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000248333 . 1 . . . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . ...... ## ENSG00000272004 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ## .............................. ## ........suppressing 3050 columns and 36556 rows in show(); maybe adjust 'options(max.print= *, width = *)' ## .............................. ## ## ENSG00000285812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000223823 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000272141 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000205231 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000162571 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000186891 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000186827 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000078808 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . 1 . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000176022 . . . . 1 . 1 . . 1 . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . ...... ## ENSG00000184163 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000260179 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000160087 . 1 . 1 . . . 1 1 1 1 1 . . . 1 1 1 . 1 . . 1 . . . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . 1 2 . ...... ## ENSG00000230415 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000162572 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000131584 . . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . 1 1 . . . . . . 1 . ...... ## ENSG00000169972 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . ...... ## ENSG00000127054 1 1 . 1 . . . 2 . . 1 1 . . 2 . . . . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . 1 . ...... ## ENSG00000240731 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000224051 . 1 . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000169962 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000107404 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...... ## ENSG00000162576 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......
rowData(sce)
## DataFrame with 36601 rows and 3 columns ## ID Symbol Type ## <character> <character> <character> ## ENSG00000175756 ENSG00000175756 AURKAIP1 Gene Expression ## ENSG00000221978 ENSG00000221978 CCNL2 Gene Expression ## ENSG00000224870 ENSG00000224870 MRPL20-AS1 Gene Expression ## ENSG00000242485 ENSG00000242485 MRPL20 Gene Expression ## ENSG00000272455 ENSG00000272455 AL391244.2 Gene Expression ## ... ... ... ... ## ENSG00000240731 ENSG00000240731 AL139287.1 Gene Expression ## ENSG00000224051 ENSG00000224051 CPTP Gene Expression ## ENSG00000169962 ENSG00000169962 TAS1R3 Gene Expression ## ENSG00000107404 ENSG00000107404 DVL1 Gene Expression ## ENSG00000162576 ENSG00000162576 MXRA8 Gene Expression
colData(sce)
## DataFrame with 3094 rows and 2 columns ## Sample Barcode ## <character> <character> ## 1 SRR9264343 AAACCTGAGACTTTCG-1 ## 2 SRR9264343 AAACCTGGTCTTCAAG-1 ## 3 SRR9264343 AAACCTGGTGCAACTT-1 ## 4 SRR9264343 AAACCTGGTGTTGAGG-1 ## 5 SRR9264343 AAACCTGTCCCAAGTA-1 ## ... ... ... ## 3090 SRR9264343 TTTGGTTTCTTTAGGG-1 ## 3091 SRR9264343 TTTGTCAAGAAACGAG-1 ## 3092 SRR9264343 TTTGTCAAGGACGAAA-1 ## 3093 SRR9264343 TTTGTCACAGGCTCAC-1 ## 3094 SRR9264343 TTTGTCAGTTCGGCAC-1
colnames(counts(sce))
## NULL